Pomoč programa PHARE lahko delimo v tri faze:
- Prva faza - tranzicijsko obdobje, ki je bila med leti 1992 in
1995, ko je bila pomoč usmerjena predvsem v prestrukturiranje
gospodarstva. Slovenija je v tistem obdobju sredstva programa
PHARE usmerila predvsem v:
- privatizacijo, prestrukturiranje gospodarstva, javne finance in bančništvo (40%);
- infrastrukturo (20%);
- TEMPUS program in izobraževanje (20%) ter
- znanost in tehnologijo, okolje, energetiko, kmetijstvo, zakonodajo, idr. (20%).
- Druga faza - predpristopno obdobje, ki zajema obdobje
med leti 1996 in 1999. Na zasedanju Evropskega sveta v Essnu
decembra 1994 je bilo namreč sklenjeno, da postane program PHARE
ključni instrument pomoči državam Srednje in Vzhodne Evrope v njihovem
približevanju Evropski uniji. Poudarjena je bila njegova vloga pri
pripravi na izvajanje predpristopne strategije. Zato je že v letu
1995 prišlo do ključnega preobrata v programiranju programa PHARE, ki
temelji na strategiji posamezne države za vključitev v Evropsko
unijo. Vse to je narekovalo tudi spremembe v slovenski strukturi
upravljanja programa PHARE. Nova struktura temelji na Memorandumu o
soglasju, ki ga je Vlada Republike Slovenije podpisala s Komisijo
Evropske unije 5. junija 1995 in na Večletnem indikativnem programu,
ki je okvirni dokument za izvajanje predpristopnega procesa v letih
1996 - 1999, podpisanega 3. julija 1996. V tem obdobju je bila pomoč
programa PHARE Sloveniji, v okvirih ustreznih novih usmeritev,
usmerjena predvsem na vzpostavljanje institucij in investicijske
podpore za pospešeno uvajanje Evropske unije. V tej fazi je predvidena
tudi posebna pomoč za krepitev upravno-administrativnih struktur ter
pravne podlage za bodoče izvajanje strukturne politike. Programska
podlaga za določanje prioritet je pri vseh predpristopnih instrumentih
pomoči t.i. program Partnerstvo za pristop skupaj z Državnim programom
za sprejem pravnega reda EU.
V letu 1999 je bilo Sloveniji na voljo še okrog 53 mio ECU. Od tega 31 mio ECU za nacionalni program, 7 mio ECU za program čezmejnega sodelovanja in okrog 15 mio ECU za več državne in horizontalne programe. Za celotno obdobje 1992-1999 je tako Slovenija dobila približno 228 mio ECU sredstev iz programa PHARE.
- Tretja faza - pristopno obdobje, ki je bilo časovno vezano na obdobje od leta 2000 do članstva v Evropski uniji v 2004 (t.i. predstrukturna faza) in je bilo podprto s tremi finančnimi instrumenti: s prenovljenim programom PHARE, s kmetijskim programom SAPARD in s programom gospodarske infrastrukture ISPA. Program PHARE je bil tudi v tej fazi ključni instrument pomoči in tesno povezan s programom SAPARD in z ISPA elementi pomoči.