Pogajalska tematika za vključitev Slovenije v EU je bila razdeljena na 31 vsebinskih področij, ki so jih obravnavale delovne skupine za pripravo pogajalskih izhodišč. Slovenija je bila na tem področju organizirana podobno, kot so bili organizirani sogovorniki v EU. (glej tudi shemo)
Vlada je imenovala člane delovnih skupin, ki so se udeleževali pregledov usklajenosti slovenske zakonodaje z zakonodajo Evropskih skupnosti, in na tej podlagi pripravljali predlog pogajalskih izhodišč. Delovne skupine so sestavljali predstavniki posameznih ministrstev in predstavniki ekonomsko socialnega sveta (predstavniki delodajalcev in delojemalcev). Vodja delovne skupine je bil praviloma državni sekretar ministrstva, ki je vsebinsko odgovorno za področje, ki je ga obravnava delovna skupina.
Pri pripravi predloga pogajalskih izhodišč so lahko delovne skupine k sodelovanju povabile zunanje strokovnjake in neodvisne institucije, ki so oblikovala mnenja, stališča s posameznih vsebinskih področij, ki so bila podlaga za oblikovanje pogajalskih stališč.
Ko so pristojni ministri za posamezna delovna področja odobrili predlog pogajalskih izhodišč, so se vključilr v pogajalski proces interesne skupine. Vabljene so bile na predstavitev pogajalskih izhodišč za tista delovna področja za katera so izrazile svoj interes. V tem okviru so lahko posredovale svoja stališča in predloge.
Ko so delovne skupine proučile posamezne predloge interesnih skupin, so jih vključile v predlog pogajalskih izhodišč. Ožja pogajalska skupina jih je obravnavala po predhodni odobritvi pristojnih ministrov. Ožja pogajalska skupina se je po potrebi lahko povezala z zunanjimi strokovnjaki in na tej osnovi v sodelovanju z delovnimi skupinami pripravi izboljšave predloga pogajalskih izhodišč. Če gre za probleme, pri katerih je bilo treba predhodno dodatno usklajevati predlog pogajalskih izhodišč, se je po potrebi pred formalno obravnavo na vladi sklical t.i. evropski kolegij vlade.
Ko je vlada sprejela pogajalska izhodišča, jih je posredovala Državnemu zboru.
Pogajalska izhodišča so temelj za oblikovanje pogodbe o članstvu Slovenije v EU, ki ima status mednarodne pogodbe. Ker zakon o zunanjih zadevah predvideva, da o pobudi za sklenitev mednarodne pogodbe odloča državni zbor, je moral pobudo potrditi Odbor za mednarodne odnose državnega zbora.
Pred obravnavo na Odboru za mednarodne odnose so predlog pogajalskih izhodišč obravnavala zainteresirana delovna telesa državnega zbora. Po zaključeni obravnavi v državnem zboru je vlada posredovala pogajalska izhodišča predstavnikom Komisije Evropskih skupnosti, ki so bili zadolženi za pogajanja o članstvu Slovenije v EU.