S 1. majem 2004 je Republika Slovenija postala članica Evropske unije in prenesla izvrševanje dela suverenih pravic na Evropsko unijo oziroma njene organe. To je zapisano tudi v novem 3.a členu Ustave RS, ki v četrtem odstavku opredeljuje novo razmerje med državnim zborom in vlado v pogojih članstva v Evropski uniji. V institucijah Evropske unije namreč zastopa in uveljavlja stališča Republike Slovenije vlada, medtem ko državni zbor sodeluje v postopku sprejemanja pravnih aktov in odločitev v EU posredno, preko vlade, ki pri svojem delovanju v okviru Evropske unije upošteva stališča sprejeta v Državnem zboru. Natančneje razmerje med državnim zborom in vlado v postopkih sprejemanja pravnih aktov in odločitev v Evropski uniji normativno ureja Zakon o sodelovanju med državnim zborom in vlado v zadevah Evropske unije (ZSDZVZEU), podrobneje pa obravnavo zadev EU v državnem zboru urejajo določbe poslovnika državnega zbora (Poslovnik, poglavje 2a: Postopek obravnave zadev EU).
Pogodba o Ustavi za Evropo predvideva še večjo vlogo nacionalnih parlamentov, s tem pa tudi državnega zbora, tako v zakonodajnem postopku EU kot tudi pri oblikovanju politik EU, kar je razvidno iz določb Protokola o vlogi nacionalnih parlamentov ter Protokola o uporabi načel subsidiarnosti in sorazmernosti, ki sta sestavni del te mednarodne pogodbe.
Pristojni delovni telesi za obravnavo zadev EU v državnem zboru sta Odbor za zadeve Evropske unije, ki lahko razpravlja in sprejema stališča Republike Slovenije o vseh zadevah EU razen zunanje in varnostne politike EU, za kar je pristojno delovno telo Odbor za zunanjo politiko. Matična delovna telesa so pri obravnavi zadev EU vsa ostala delovna telesa državnega zbora, ki lahko sprejemajo mnenja o določeni zadevi EU s svojega področja in jih posredujejo pristojnemu odboru.
Državni zbor lahko na plenarni seji razpravlja o zadevah EU, ki bi po svoji vsebini v skladu z ustavo in zakoni spadale v pristojnost državnega zbora in v zvezi z njimi sprejme stališče Republike Slovenije. Stališče Republike Slovenije, ki ga sprejme državni zbor na plenarni seji, je za vlado obvezujoče. Prav tako državni zbor razpravlja in zavzema stališča pred odločanjem o spremembah ustanovitvenih pogodb EU in najmanj enkrat letno razpravlja o stanju v EU in položaju Republike Slovenije v njej ter sprejme politične usmeritve za delovanje Republike Slovenije v prihodnjem obdobju.
Seje odborov Državnega zbora
Odbor za zadeve Evropske unije in Odbor za zunanjo politiko sprejemata odločitve praviloma na podlagi mnenj matičnih delovnih teles. Tako oblikovana stališča postanejo stališča Republike Slovenije, ki jih vlada upošteva pri svojem delovanju v institucijah EU. Kadar vlada pri uveljavljanju stališč Republike Slovenije zaradi poteka pogajanj v institucijah EU oceni, da njihova uveljavitev ali popolna uveljavitev ni izvedljiva ali ne bi bila v korist Republiki Sloveniji, lahko odloči drugače. O tem mora takoj obvestiti državni zbor in navesti okoliščine, ki so tako ravnanje utemeljevale.
Seje delovnih teles državnega zbora, kadar obravnavajo in odločajo o zadevah EU, so zaprte za javnost. Gradiva in sklepi delovnih teles pa so javnosti dostopna, razen če so v skladu z zakonom tajna.
Na seje pristojnega odbora so vabljeni predsednik vlade in ministri ter predstojniki vladnih služb kakor tudi predstavniki matičnih delovnih teles, predstavnik državnega sveta in predstavnik zakonodajno-pravne službe, ki predstavijo in obrazložijo sprejeta ali izdana mnenja. Na sejo odborov so k posamezni točki lahko povabljeni tudi predstavniki strokovne javnosti, civilne družbe, gospodarstva in združenj, katerih delo je povezano z vsebino obravnavanih vprašanj in, ki lahko predstavijo svoja mnenja. Vsakokrat so na seje pristojnega odbora vabljeni tudi poslanci iz Republike Slovenije v Evropskem parlamentu, ki lahko v skladu s poslovnikom na sejah razpravljajo, nimajo pa pravice odločati.