Po odpravi nadzora na kopenskih in morskih mejah s članicami schengenskega
prostora 21. decembra 2007 je bila 30. marca 2008 odpravljena tudi mejna
kontrola na notranjih letih. S tem je storjen še zadnji korak k popolni odpravi
kontrol na notranjih mejah.
Odločitev za kasnejše odprtje meja na letališčih je bila povezana s spremembo voznih redov, saj se ti spreminjajo le dvakrat letno, spomladi in jeseni. Poleg tega pa je bil razlog za zamik tudi tehnične narave, saj uveljavitev schengenskega režima na letališčih zahteva strogo ločevanje potnikov na notranjih schengenskih letih od ostalih potnikov v mednarodnem prometu. Pravila schengenskega nadzora zračne zunanje meje EU namreč zahtevajo tudi zelo dodelano tehnologijo mejne kontrole na letališčih, ki so istočasno mejni prehodi na zunanji schengenski meji (za lete zunaj schengenskega območja) in mesto prehajanja notranjih meja brez mejne kontrole (ko gre za lete z letališč na schengenskem območju).
Da bi lahko schengenske standarde izpolnjevali tudi pri nadzoru zračne meje, je morala Slovenija posodobiti infrastrukturo letališča oz. omogočiti ločevanje potnikov schengenskih in neschengenskih letov. Na Letališču Jožeta Pučnika Ljubljana so bili zato že lani izvedeni gradbeni in drugi ukrepi za ločitev potnikov na notranje in zunanje lete (slovesna otvoritev novega potniškega terminala je bila 9. julija 2007).
Za potnike v letalskem prometu odprava mejne kontrole na notranjih letih pomeni, da se bo mejna kontrola od 30. marca naprej izvajala samo še na neschengenskih letih, torej letih, kjer gre za prestop zunanje meje. Mejna kontrola se na teh letih opravlja pri vseh potnikih, ki vstopajo v schengenski prostor ali izstopajo iz njega (torej tudi za tranzitne potnike, ki nadaljujejo let znotraj schengenskega območja). Na notranjih oz. schengenskih letih (kjer gre za potovanje iz ene schengenske države v drugo schengensko državo) pa mejne kontrole ne bo več. Ostala bo le varnostna kontrola, ki pa je ne bo opravljala policija, temveč varnostna služba.