Z Lizbonsko pogodbo se bo povečala decentraliziranost in preglednost izvajanja politik Evropske unije (EU), kar bo zagotovilo, da se odločitve (skladno z načelom subsidiarnosti) sprejemalo čim bliže državljanom. Pogodba jasno določa pristojnosti na področju posameznih politik, s čimer se bo povečala učinkovitost razdelitve nalog med Evropsko unijo in državami članicami.
Porazdelitev pristojnosti med Evropsko unijo in državami članicami, ki jo je Lizbonska pogodba nekoliko dodelala, je sledeča in razlikuje tri kategorije:
Področja, ki sodijo v izključno pristojnost EU so:
- carinska unija,
- določitev pravil o konkurenci, potrebnih za delovanje notranjega trga,
- monetarna politika držav članic, katerih valuta je evro,
- ohranjanje morskih bioloških virov v okviru skupne ribiške politike,
- skupna trgovinska politika,
- sklenitev mednarodnega sporazuma, kadar je ta predvidena v zakonodajnem aktu Unije ali je potrebna, da se Uniji omogoči izvajanje njene notranje pristojnosti, ali kolikor lahko vpliva na skupna pravila ali spremeni njihovo področje uporabe.
Deljena pristojnost med EU in državami članicami zajema naslednja področja:
- notranji trg,
- socialna politika (glede vidikov, opredeljenih v pogodbi),
- ekonomska, socialna in teritorialna kohezija,
- kmetijstvo in ribištvo (razen ohranjanja morskih bioloških virov),
- okolje,
- varstvo potrošnikov,
- promet,
- vseevropska omrežja,
- energija,
- območje svobode, varnosti in pravice,
- skupna skrb za varnost na področju javnega zdravja (glede vidikov, opredeljenih v pogodbi).
Lizbonska pogodba določa tudi področja, na katerih je Unija pristojna za izvajanje ukrepov za podporo, uskladitev ali dopolnitev ukrepov držav članic, sicer pa ta področja urejajo države članice same. Ta področja so:
- varovanje in izboljšanje človekovega zdravja,
- industrija,
- kultura,
- turizem,
- izobraževanje, poklicno usposabljanje, mladino in šport,
- civilna zaščita,
- upravno sodelovanje.
Z Lizbonsko pogodbo se bo povečalo število področij, na katerih mora akt, ki ga predlaga Komisija, odobriti Evropski parlament skupaj s Svetom EU (t.i. postopek soodločanja, ki se bo po novem imenoval redni zakonodajni postopek). S tem se bo povečala vloga Evropskega parlamenta ter okrepil demokratični nadzor. Zgoraj opisana jasna razdelitev pristojnosti med Evropsko unijo in državami članicami pa bo Unijo še bolj približala državljanom in prispevala k temu, da bodo ti lažje razumeli, 'kaj kdo dela'.
Poleg povečanja števila politik, v katerih bo skupaj s Svetom EU v postopku soodločanja odločal tudi Evropski parlament, Lizbonska pogodba uvaja novosti tudi znotraj odločanja samega Sveta EU. Standardni način glasovanja v Svetu ministrov bo glasovanje s kvalificirano večino, ki bo temeljilo na načelu dvojne večine. Za sprejem odločitev v Svetu ministrov bo potrebna podpora 55 % držav članic, ki bodo hkrati predstavljale najmanj 65 % prebivalcev Evropske unije. Manjšina, ki lahko prepreči sprejetje odločitev, mora vključevati vsaj štiri države članice. Omeniti velja tudi t.i. kompromis Ioannina, ki je bil v Lizbonsko pogodbo vključen na željo Poljske. Na podlagi tega kompromisa lahko države članice, ki ne predstavljajo manjšine, ki lahko prepreči sprejetje odločitve, pred sprejetjem zahtevajo ponovno preučitev zakonodajnega predloga.
Odločanje po načelu dvojne večine bo prispevalo k večji demokratičnosti ter učinkovitosti sprejemanja odločitev. Novi način glasovanja naj bi začel veljati leta 2014. V prvih treh letih do leta 2017 pa bo veljalo prehodno obdobje, v katerem bo lahko vsaka država članica zahtevala, da se zakonodajni akt sprejme v skladu s kvalificirano večino, kot to opredeljuje Pogodba iz Nice.