Slovenija je že decembra 2004 začela z organizacijskimi in vsebinskimi pripravami na
predsedovanje. Vlada RS je v začetku januarja 2005 ustanovila Ožjo delovno skupino za
priprave na predsedovanje EU, ki jo je vodi predsednik Vlade Janez Janša, člani pa so bili
minister za finance dr. Andrej Bajuk, minister za zunanje zadeve dr. Dimitrij Rupel, minister
za javno upravo dr. Gregor Virant in državni sekretar v Službi Vlade RS za evropske zadeve
Janez Lenarčič. Ožja delovna skupina je določila organizacijsko strukturo za priprave in
skupine nalog v okviru priprav na predsedovanje.
Operativno vodenje priprav na predsedovanje Slovenije EU je vodila Širša delovna skupina za predsedovanje EU. Vodil jo je državni sekretar Janez Lenarčič, sestavljali pa predstavniki ministrstev. V podporo Širši delovni skupini je bila oblikovana posebna Projektna skupina za koordinacijo priprav in predsedovanja Slovenije Evropski uniji v Službi vlade za evropske zadeve. Ustanovljena je bila za podporo in spremljanje projekta predsedovanja in priprave nanj in je delovala kot kontaktna točka ("focal point") Slovenije za komuniciranje s sopredsedujočima državama.
Za izvedbo priprav je bilo ustanovljeno pet osrednjih skupin nalog, ki so jih izvajale podskupine, ustanovljene na ministrstvih in Protokolu RS. Podskupine so:
- Podskupina za program predsedovanja (vodilo jo je Ministrstvo za zunanje zadeve)
- Podskupina za kadre (vodilo jo je Ministrstvo za javno upravo)
- Podskupina za komunikacijo z javnostmi in promocijo (vodij jo je Urad Vlade RS za komuniciranje)
- Sekretariat za predsedovanje EU (vodil ga je Generalni sekretariat Vlade RS)
- Podskupina za proračun predsedovanja (vodilo jo je Ministrstvo za finance)
Kadrovski vidik predsedovanja Slovenije Svetu EU
Predsedovanje je velik projekt, v katerega so vključeni vsi organi državne uprave: ministrstva, vladne službe in organi v sestavi ministrstev. Vlada RS je 6. oktobra 2005 sprejela kadrovski načrt organov državne uprave za predsedovanje Slovenije EU v letu 2008. V projekt predsedovanja je bilo vključenih 2720 javnih uslužbencev, 133 zunanjih strokovnjakov (sekundirani diplomati ali strokovnjaki, domači in tuji eksperti) ter 245 študentov.
V Stalnem predstavništvu pri EU v Bruslju je delovala močna ekipa, ki jo je sestavljalo 170 strokovnjakov. V ministrstvih so bile organizirane strokovne ekipe, ki so nudile podporo predsedujočim s posameznega področja organa.